Dalam dunia filsafat ilmu, terdapat tiga cabang utama yang fundamental untuk memahami hakikat pengetahuan, yaitu epistemologi, aksiologi, dan yang paling mendasar: ontologi ilmu adalah studi tentang hakikat keberadaan atau realitas. Ontologi bukan sekadar daftar benda-benda yang ada, melainkan sebuah kerangka konseptual yang berusaha mengklasifikasikan dan memahami apa yang ada dalam suatu domain pengetahuan tertentu.
Secara etimologi, 'ontologi' berasal dari bahasa Yunani, yaitu 'ontos' yang berarti ada atau keberadaan, dan 'logos' yang berarti ilmu atau studi. Oleh karena itu, ontologi ilmu adalah cabang filsafat yang secara sistematis menyelidiki sifat dasar dari apa yang dianggap ada (being) atau eksistensi. Dalam konteks ilmu pengetahuan, ontologi menetapkan asumsi-asumsi dasar mengenai jenis-jenis entitas yang dapat dipelajari, bagaimana entitas tersebut terstruktur, dan bagaimana hubungan antar-entitas tersebut.
Berbeda dengan epistemologi yang fokus pada bagaimana kita tahu (teori pengetahuan), ontologi fokus pada apa yang ada untuk diketahui. Jika kita mempelajari ilmu fisika, ontologi fisika akan mempertanyakan: Apakah atom itu nyata? Apakah energi adalah entitas yang independen atau sekadar konsep matematis? Jawaban atas pertanyaan-pertanyaan ini membentuk fondasi ontologis yang menopang seluruh bangunan teori dan metodologi dalam ilmu fisika tersebut.
Mengapa studi mengenai keberadaan ini penting bagi ilmu pengetahuan? Karena ontologi berfungsi sebagai peta dasar. Sebelum seorang ilmuwan dapat merumuskan hipotesis atau memilih metode penelitian, mereka harus memiliki pemahaman implisit atau eksplisit mengenai realitas yang mereka teliti. Jika suatu disiplin ilmu mengasumsikan bahwa realitas bersifat deterministik (semua peristiwa memiliki sebab pasti), maka metode yang dipilih cenderung bersifat kuantitatif dan kausal. Sebaliknya, jika realitas dipandang sebagai konstruksi sosial yang dinamis, maka pendekatan kualitatif akan lebih dominan.
Penting untuk dicatat bahwa pandangan ontologis sering kali memengaruhi pandangan epistemologis. Sebagai contoh, pandangan ontologis realisme (bahwa dunia ada secara independen dari pikiran kita) cenderung mengarah pada epistemologi positivisme (pengetahuan adalah representasi akurat dari realitas eksternal). Sebaliknya, pandangan ontologis idealisme atau konstruktivisme (realitas dibentuk oleh pikiran atau interaksi sosial) akan mendorong epistemologi interpretif.
Ontologi berusaha mengkategorikan entitas. Secara umum, terdapat dua kubu besar dalam menentukan apa yang ada dalam pandangan ontologis:
Dalam ilmu-ilmu sosial, perdebatan ontologis sering berkutat pada pertanyaan: Apakah struktur sosial (seperti kelas sosial, nilai, atau uang) itu nyata atau hanya ilusi kolektif? Jawaban dari pertanyaan ontologi ilmu adalah bagaimana kita mendefinisikan objek studi kita, yang kemudian memandu cara kita mengukur dan memverifikasi temuan.
Setiap cabang ilmu memiliki ontologinya sendiri. Ontologi biologi akan berurusan dengan apa itu kehidupan, spesies, dan organisme. Ontologi matematika berfokus pada keberadaan objek abstrak seperti angka dan himpunan. Sementara itu, ontologi kedokteran membahas hakikat penyakit—apakah penyakit adalah entitas biologis objektif ataukah sekadar label sosial yang diberikan pada kondisi tubuh?
Memahami ontologi ilmu adalah memahami akar asumsi. Tanpa kesadaran akan dasar ontologis ini, ilmuwan mungkin terjebak dalam asumsi yang tidak teruji mengenai sifat realitas yang sedang mereka selidiki. Oleh karena itu, refleksi ontologis menjadi sangat krusial, terutama dalam interdisipliner, untuk memastikan bahwa asumsi dasar dari disiplin ilmu yang berbeda dapat diselaraskan atau setidaknya diakui perbedaannya.